A lo largo de la gira, sin embargo, amplias manifestaciones anti-apartheid obligaron a que varios partidos se jugasen detrás de alambradas. Alexis jugó los 4 partidos (todos de titular) de Chile en el Mundial de Sudáfrica 2010 jugando 335 minutos. Fue su séptima Supercopa ganada y la primera en que alzó el trofeo como capitán en ausencia de Iniesta, que se encontraba lesionado. Tras una gran segunda vuelta en Liga donde el Valencia consiguió 38 puntos, finalizó la temporada en el cuarto puesto, clasificándose así para la Liga de Campeones, y alcanzó las semifinales de la Europa League, donde le eliminó el Arsenal por un resultado global de 3-7. No obstante, el mejor momento de la temporada estaba todavía por llegar.