La primera temporada de esta nueva etapa en la Segunda División de España se consigue salvar con la permanencia pasando apuros hasta el final. La siguiente, por el contrario, ofreció dos caras bien distintas: de equipo revelación, a candidato al descenso de categoría, pero el equipo siguió luchando hasta conseguir la permanencia de nuevo con ciertos problemas. Sin embargo, la siguiente temporada, la 2001-02 trajo consigo la alegría de un nuevo ascenso a la Segunda División de España, nuevamente con una plantilla llena de jugadores almerienses y de almeriensistas que a la postre pasarían a la historia de este club, ya que este ascenso supuso los cimientos de los años venideros.