En la temporada 2003-2004 se desciende a Segunda división B, en la 2005-2006 a la Tercera y tras una temporada de impago al cuerpo técnico y plantilla, el equipo es descendido de nuevo a la Primera división regional andaluza por ser incapaz de hacer frente a las deudas contraídas con la plantilla en la temporada 2007-08. Durante la temporada 2008-2009 el equipo, dirigido por el algecireño Diego Pérez «Yiyi», camiseta españa mundial 2022 ascendió de nuevo a la Tercera División con una plantilla llena de jugadores de la comarca.