Pero fue con la llegada del nuevo entrenador, Diego Pablo Simeone, cuando Juanfran se asentó en esa nueva posición convirtiéndose en pieza clave en la defensa del club colchonero. Como local en el 4-1 contra el Alavés el 21, anotó su gol número 50 (45 con el club y 5 con la selección) del año calendario por novena vez y sexta consecutiva.